Fille d’un peintre maniériste renommé, la jeune Lavinia apprend avec facilité le métier de son père. Bologne est alors un centre culturel et universitaire florissant. Fontana devient une portraitiste fort sollicitée par les nobles, puis par le pape qui lui commande des travaux de grande taille à Rome. Elle épouse le peintre Zappie, avec qui elle a onze enfants (plusieurs décéderont) ; il décide de s’occuper de la famille et de gérer la carrière de sa femme.
La culture et le talent de Fontana sont récompensés par des éloges écrits, un portrait gravé sur une médaille en bronze et couronnés par son élection à l’Académie. Elle exécute un grand nombre de portraits qui éblouissent par leur élégance, la noblesse des expressions et par le soin méticuleux accordé au raffinement des étoffes et des bijoux. Fontana traite également les sujets religieux, dans un style qui révèle l’influence maniériste, et les thèmes de la mythologie et de l’histoire (plusieurs tableaux représentent le drame de Judith et Holopherne).